los napisal(a): Pawle - czy rozumiesz metodologię nauk? Wychodzi sobie pan Darwin i opowiada bajeczkę. I bajeczka pana Darwina pozostaje bajeczką póki nie zostanie potwierdzona obserwacjami lub obliczeniami. Otóż nie została potwierdzona ani jednym ani drugim.
Szanowny losie. Dobrze jest czytać posty interlokutora. Moje można sprowadzić do stwierdzenia, że :wykazano, iż kluczowy dla darwinowskiej teorii ewolucji proces doboru naturalnego rzeczywiście zachodzi w populacjach, co jednak nie oznacza potwierdzenia całej teorii. Pokazałem też, gdzie ona najbardziej się rozłazi. Kolega z jakichś powodów postanowił wykazać, że obaliły ja też modele Kimury. Co akurat jest nieprawdą, bo jeżeli nie znamy choćby przybliżonych parametrów modelu jego "wartość dowodowa" jest żadna. A przy modelach Kimury i następców parametry brane były "z czapy" (nie wiadomo np dlaczego prawdopodobieństwo mutacji oparto o typ zasad a nie układ kodonu). Co do tego czy dobór naturalny może prowadzić do specjacji zdania są podzielone - choćby z powodu problemów ze zdefiniowaniem gatunku - np różnica genetyczna pomiędzy niedźwiedziem brunatnym, a polarnym są na poziomie niższym niż pomiędzy odmianami niepylaka apollo. Zatem, wbrew insynuacji kolegi, w tej dyskusji to akurat ja stoję na straży metodologicznej poprawności
pawel.adamski napisal(a):Moje można sprowadzić do stwierdzenia, że :wykazano, iż kluczowy dla darwinowskiej teorii ewolucji proces doboru naturalnego rzeczywiście zachodzi w populacjach.
Nie, proszę pana. Dobór naturalny wyjaśnia, jak giną gatunki, ale przecież to nie żadna mądra teoria - ani Darwina ani Pikucińskiego, to prosta obserwacja w rodzaju, że jak kto umarł, to nie żyje, dotyczy to tak samo jednostek jak gatunków.
Darwin próbował doborem naturalnym tłumaczyć POWSTAWANIE gatunków, jego bajkopisarskie dzieło miało tytuł "O pochodzeniu gatunków" i jak było bajkopisarskie ileś lat temu, tak do dziś jest.
Mój ulubiony cytat literacki odnośnie zachowania gatunków ;-)
– Czy myślisz – spytał Wokulski – że można... kochać kobietę w sposób idealny, nie pożądając jej? – Naturalnie. Jest to jedna z masek, w którą lubi się przebierać instynkt utrwalenia gatunku. – Instynkt – gatunek – instynkt utrwalenia czegoś i – utrwalenia gatunku!... – powtórzył Wokulski – Trzy wyrazy, a cztery głupstwa.
Panowie dyskutując poruszyli kilka wątków PA -kwestia powstania życia, czyli biogenzy - formalnie poza TE, ale to tylko wybieg, bez biogenezy nie ma ewolucji Koledzy obaj dość ciekawie opowiedzieli model Kimury, z którego wynika, że selekcja naturalna ma niewielki wpływ na ewolucję. Jeżeli horyzontalny transfer genów istotnie wynika z postaci rozwiązań równań ewolucji, jest to bardzo duże osiągnięcie, silnie potwierdzające słuszność założeń tego modelu. O ile jakoś nie wynika to implicite z doboru parametrów, czyli jeżeli autentycznie jest wnioskiem a nie założeniem. Ja przypomnę tylko, że klasyczny przykład (mikro) ewolucji, czyli odporność bakterii na antybiotyki, chwastów na pestycydy, działa, w dużym skrócie, jak filtr na materiał genetyczny. Gdy antybiotyk lub środek ochrony roślin przestaje działać, mechanizm selekcji naturalnej eliminuje osobnik, które uzyskały odporność. Wracając teraz do równań Kimury - czy nie jest tak, że opisana przez mnie "jałowa" mikroewolucja prowadząca wyłącznie do uszczuplenia materiału genetyczneo, jest typowym efektem pierwszego rzędu. Jeśli tak jest, być może makroewolucję tłumaczą jakieś wyższe rzędy przybliżeń i wtedy interpretujemy to tak - dobór naturalny w istocie zabija gatunki, ale istnieje jakieś niewielkie prawdopodobieństwo, że powstanie jakaś nowa populacja.
1. Biologowie nie znają matematyki a matematycy biologii. Biologia jest zresztą znacznie mniej zmatematyzowana niż powinna być, bo jest bardziej empiryczna od ekonomii a jednak dużo mniej matematyczna - ekonomista znający analizę funkcjonalną czy geometrię różniczkową nie jest rzadkością (zwłaszcza w Stanach), biolog z matematyki zna w najlepszym razie elementarną statystykę. Zero teorii gier, zero analizy stochastycznej. Przetłumaczenie terminów biologicznych na matematyczne zajęło mi bardzo dużo czasu, jak się uczyłem teorii Kimury.
2. Teoria ewolucji jest mocno ideologiczne obciążona, widać to najlepiej w krajach protestanckich, więc rzeczywiste studia nad teorią ewolucji są równie bezpieczne jak studia nad pochodzeniem Koranu.
los napisal(a): To jest trudna dziedzina z kilku powodów.
1. Biologowie nie znają matematyki a matematycy biologii. (...) Przetłumaczenie terminów biologicznych na matematyczne zajęło mi bardzo dużo czasu, jak się uczyłem teorii Kimury.
Zatem dryf genetyczny interpretuje się jako atraktor a nie poziomy transfer. Trochę optymistycznie potraktowałem model Kimury.
To jest proste pojęcie - mutacja postępująca w kolejnych pokoleniach czyli typowa własność nieergodycznego układu dynamicznego: trafia na któryś z punktów przyciągających albo się w ogóle rozłazi. Pojęcie niewyrafinowane ale spróbujcie wyłowić je z tego całego biologicznego żargonu.
los napisal(a): Pojęcie niewyrafinowane ale spróbujcie wyłowić je z tego całego biologicznego żargonu.
Z kolei to zjawisko nazywa sie job safety. A ja odnalazlem ten fragment z "God delusion" gdzie przyznaje ze niektore elementy procesu powstawania czlowieka musialy zajsc samoistnie, bez ewolucji. I ze wierzy w hipoteze o wielu wrzechswiatach, ktora elementem nauk empirycznych raczej sie nie stanie bez jakiegos przelomu. Jak chcecie to wklejalnej wersji poszukam.
pawel.adamski napisal(a):Moje można sprowadzić do stwierdzenia, że :wykazano, iż kluczowy dla darwinowskiej teorii ewolucji proces doboru naturalnego rzeczywiście zachodzi w populacjach.
Nie, proszę pana. Dobór naturalny wyjaśnia, jak giną gatunki, ale przecież to nie żadna mądra teoria - ani Darwina ani Pikucińskiego, to prosta obserwacja w rodzaju, że jak kto umarł, to nie żyje, dotyczy to tak samo jednostek jak gatunków.
Darwin próbował doborem naturalnym tłumaczyć POWSTAWANIE gatunków, jego bajkopisarskie dzieło miało tytuł "O pochodzeniu gatunków" i jak było bajkopisarskie ileś lat temu, tak do dziś jest.
Szanowny kolego losie Dobór naturalny to proces odpowiedzialny za pokazuje jak zmianę puli genowej (prze działenie na fenotypy) gatunków. I proces ten został potwierdzony w badaniach emopirycznych. I tych przypadków potwierdzenia jest coraz więcej, z tego prostego powodu, że powodu, że przybywa populacji podlegajacych naciskowi selekcyjnemu, które są długo obserwowane. W zasadzie po stwierdzeniu kolegi, ze "Dobór odpowiada za wymarcie" można by zakończyć dyskusję, bo to wskazuje, że kolega nie rozumie teorii, którą a'priori uznał za bajke. Problem w tym, ze w obecnym wątku kolega z jednej strony pozuje na obrońcę metodoligi z drugiej zaś jest z nią na bakier.
Weźmy pod uwagę trzy kolegi stwierdzenia
Stwierdzenia A (przytazcam w formie przed wyedytowanem)
los napisal(a): Model Kimury w zasadzie sprowadza się do modelowania ewolucji za pomocą łańcuchów Markowa podobnie jak pozostałe modele (nie wiadomo mi o innym narzędziu) a różnią się one między sobą różnym mapowaniem genotypu na funkcje stanu procesu. O genotypach nie wiem nic, o procesach Markowa wiem wszystko. Jednym z wniosków Kimury było zresztą, że w ewolucji najistotniejsze są losowe fluktuacje, dobór naturalny i dryf genetyczny można praktycznie zaniedbać.
Stwierdzenie B
los napisal(a): Teoria ewolucji dobrze tłumaczy dlaczego pewne szkodniki nabyły odporność na pestycydy a nie skąd się wzięły gatunki.
Stwierdzenie C
los napisal(a): Matematyczny model ewolucji to tzw. model Kimury (później rozwijany przez Tamurę i innych), który dość dobrze opisuje mikroewolucję i dowodzi niemożności makroewolucji. Kapłani tej religii używają wtedy rytualnego zwrotu "do makroewolucji model Kimury nie stosuje się."
Ponieważ wyjaśnieniem mechanizmu nabywania odporności jest dobór naturalny zatem stwierdzenia A i B się w zasadzie wykluczają. Zatem albo trzeba zakwestionować obserwacje empiryczne albo adekwatność modelu Kimury do opisu procesów ewolucyjnych. I nie chodzi nawet o sam model, ale o przyjmowane parametry, z których po prostu nie znamy. W tej sytuacji metodologcznie poprawne jest uznanie, że coś nie tak jest z modelem. W takiej sytuacji stwierdzenie C jest nieuprawnione bo opiera się o model sfalsyfikowany empirycznie....
los napisal(a):
1. Biologowie nie znają matematyki a matematycy biologii.
Przy czym matematycy nawet nie bardzo chcą się do tej niewiedzy przyznać. W przeciwnym razie nie pisałby kolega takich rzeczy:
los napisal(a): Biologia jest zresztą znacznie mniej zmatematyzowana niż powinna być, biolog z matematyki zna w najlepszym razie elementarną statystykę. Zero teorii gier, zero analizy stochastycznej.
Zgadzam się, że dużo biologów - zwłaszcza starszego pokolenia - jest zbyt mało zmatematyzowanych. Ale już w ekologii populacyjnej czy behawioralnej bez teroii gier, analiz stochastycznych czy modeli dyfuzyjnych po prostu nie ma czego szukać.
Z mojej współpracy z matematykami wynika też, że zdecydowana większość z nich nie jest w zasadzie zainteresowane tym co oznaczają parametry modeli i jak się je szacuje. Problemem jest to, że potem przy interpretacji wyników wychodzą różne kwiatki. W tej dyskusji bardzo ładnie pokazał to kol. robertgoroń
robert.gorgon napisal(a): Zatem dryf genetyczny interpretuje się jako atraktor a nie poziomy transfer. .
Ta niby drobna pomyłka pokazuje niestety kompletne niezrozumienie tego co jest modelowane - "poziomy transfer" to zupełnie inna bajka, której w modelach Kimury w ogóle nie uwzględniano...
Natomiast w pełni zgadzam się ze stwierdzeniem kolegi
los napisal(a): 2. Teoria ewolucji jest mocno ideologiczne obciążona, widać to najlepiej w krajach protestanckich, więc rzeczywiste studia nad teorią ewolucji są równie bezpieczne jak studia nad pochodzeniem Koranu.
Przy czym ideologizaja ta widoczna jest także wśród osób, które wbrew wynikom badań empirycznych uznają, że zmiany w obrębie form życia to "bajki" i "bajdurzenia". Nota bene, niemożność zaprzeczenia tym zmianom spowodowała, pojawienie się koncepcja baraminów...
a ja myślałem Kulego Pawle, że niemożność zaprzeczenia występującym w przyrodzie zmianom ewolucyjnym spowodowała pojawienie się całkiem rzeczywistych (a nie tylko teoretycznych) baranów...
pawel.adamski napisal(a):Dobór naturalny to proces odpowiedzialny za pokazuje jak zmianę puli genowej (prze działenie na fenotypy) gatunków. I proces ten został potwierdzony w badaniach emopirycznych.
Nie. Potwierdzono sam fakt zmian puli genowej (co też jest obserwacją dość elementarną), nie potwierdzono wielkich odchyleń - takich, które mogłyby być odpowiedzialne za powstanie np. skrzydła. Ech, ten rozkład podwójnie eksponencjalny...
I proszę o cytowanie ostatnich wersji wypowiedzi, kilka razy byłem nieprecyzyjny ale się poprawiłem. Złą manierą dyskusyjną jest ograniczenie rozmowy do wyławiania rozmówcy drobnych nieścisłości ale wyławianie nieścisłości już poprawionych jest manierą bardzo złą.
pawel.adamski napisal(a):Dobór naturalny to proces odpowiedzialny za pokazuje jak zmianę puli genowej (prze działenie na fenotypy) gatunków. I proces ten został potwierdzony w badaniach emopirycznych.
Nie. Potwierdzono sam fakt zmian puli genowej (co też jest obserwacją dość elementarną), nie potwierdzono wielkich odchyleń - takich, które mogłyby być odpowiedzialne za powstanie np. skrzydła.
Potwierdzono fakt zmiany puli genowej pod wpływem działania czynnik selekcyjnego. Po drugie zmiany szlaków metabolicznych to czasami dla puli genowej zmiany naprawdę poważne (chociaż np nabycie odporności to bywa kwestią jednego podstawienia). Kolega upiera się przy kwestionowaniu empirii tylko dlatego, że nie pasuje do wizji wg której jakiekolwiek zmiany ewolucyjne to bajki osób nie znających matematyki. Naprawdę trudno w tej sytuacji o jakakolwiek rzeczową rozmowę..
los napisal(a): r>I proszę o cytowanie ostatnich wersji wypowiedzi, kilka razy byłem nieprecyzyjny ale się poprawiłem. Złą manierą dyskusyjną jest ograniczenie rozmowy do wyławiania rozmówcy drobnych nieścisłości ale wyławianie nieścisłości już poprawionych jest manierą bardzo złą.
Widzi kolega, dojrzały, uczciwy człowiek jak popełni błąd to się do tego przyznaje, a nie udaje, że błędu nie popełnił. A kolega edytując wytknięty przeze mnie błąd właśnie tak postępuje. Datego wobec nonszalanckiego (w tym wątku) podejścia kolegi zarówno do metodologi jak i rzetelności dyskusji pozwolę sobie wycofać się z dalszej naparzanki, która od pewnego czasu przypomina filmowy dialog: - Yes, I do! - No, you don't! - Yes, I do! ....
Błąd był wyłącznie terminologiczny, słowo "dryf" pochodzi z fizyki/matematyki a Kimura użył go zupełnie niepoprawnie (był samoukiem), nie jeden raz taką konfuzję z biologami mieliśmy, po 20 latach mogłem nie wszystkie szczegóły pamiętać. W równaniach stochastycznych fundamentalne są pojęcia dryfu i dyfuzji. Kimura określenia "dryf" używa do tego, co my nazwiemy dyfuzją.
Wpisy należy poprawiać, bo idzie o dojście do prawdy a nie pokazanie kto mądrzejszy.
A co do meritum - samych zmian nikt nie kwestionuje, kwestionowana jest jedynie możliwość wielkich odchyleń (large deviations) w modelu Kimury i innych, takich które wykształcą skrzydło czy inny złożony mechanizm. Do tego nie odniósł się kolega ani słowem.
Więc dyskusja nie jest w stylu "yes, it is, no, it isn't", bo taka dyskusja przynajmniej odnosi się do tego samego przedmiotu.
los napisal(a): Błąd był wyłącznie terminologiczny, słowo "dryf" pochodzi z fizyki/matematyki a Kimura użył go zupełnie niepoprawnie (był samoukiem), nie jeden raz taką konfuzję z biologami
Kolega jest uprzejmy mijać się z prawdą. Przeprowadzona edycja w dość istotny sposób zmieniała znaczenie doboru. Proszę porównać wersję przed i po edycji (podkreśliłem fragment który zniknął).
los napisal(a): Jednym z wniosków Kimury było zresztą, że w ewolucji najistotniejsze są losowe fluktuacje, dobór naturalny i dryf genetyczny można praktycznie zaniedbać
los wyedytował: Jednym z wniosków Kimury było zresztą, że w ewolucji najistotniejsze są losowe fluktuacje. Dryf genetyczny my matematycy nazywamy atraktorem.
los napisal(a): A co do meritum - samych zmian nikt nie kwestionuje, kwestionowana jest jedynie możliwość wielkich odchyleń (large deviations) w modelu Kimury i innych, takich które wykształcą skrzydło czy inny złożony mechanizm. Do tego nie odniósł się kolega ani słowem.
Ależ odniosłem. Po pierwsze zwróciłem uwagę, że parametry w modelu Kimury zostały wzięte w zasadzie arbitralnie więc jego wartość dowodowa jest wątpliwa. Np w bliższych mojej dziedzinie modelach Minimum viable population niewielka różnica w parametrach może zmienić wynik nawet o rząd wielkości.... Niestety nawet w kwestii szczegółów replikacji DNA jest sporo luk w wiedzy, które nie pozwalają na rzetelne szacowanie parametrów. Po drugie, prosiłem kolegę o rozjaśnienie co to jest "largę deviation". Przykład z pojawieniem się skrzydła jest o tyle mało przydatny, że w dziedzinie budowy anatomicznej czasami daleko posunięte zmiany mogą być wywołane punktową mutacją (przykładem jest np płód arlekinowy). Czasami więcej zmian wymaga pojawienie się nowego szlaku metabolicznego.
los napisal(a): Wpisy należy poprawiać, bo idzie o dojście do prawdy a nie pokazanie kto mądrzejszy..
Dojście do prawdy jest niemożliwe w dyskusji, w której jedna ze stron kwestionuje empirię, twierdząc, a jednocześnie twierdzi, że tego nie robi.
Dlatego tym wpisem definitywnie kończę moją aktywność w tym wątku.
pawel.adamski napisal(a):Po pierwsze zwróciłem uwagę, że parametry w modelu Kimury zostały wzięte w zasadzie arbitralnie więc jego wartość dowodowa jest wątpliwa.
Po pierwsze - piszę nie o pracy z roku 1968 a o obecnym stanie wiedzy. Określenie "model Kimury" jest skrótowe, jeśli upiera się kolega przy leksykalnej hiperpoprawności proszę czytać "modele Kimury, Felsensteina, Tamury i innych."
Po drugie - nawet jeśli parametrów dokładnie nie znamy, to jesteśmy w stanie je oszacować, czasem grubo lub bardzo grubo. A rozkład podwójnie wykładniczy ma tę miła lub niemiłą cechę, że wyzeruje szybko prawdopodobieństwo zdarzeń ogonowych nawet przy bardzo optymistycznych założeniach.
Czy który model daje inny rozkład asymptotyczny wielkich odchyleń? Żaden z modeli markowskich a wspomniane wyżej modele do tej klasy należą (to już jest hard kernel mojej wiedzy zawodowej). Ale jeśli kto wymyśli coś innego - chętnie usłyszę.
Przykłady large deviations są w książce Michaela Behe. Patrzy na nie przez okulary zdrowego rozsądku a nie matematyki ale pokazuje niesłychaną złożoność mechanizmów komórkowych. Jak spojrzysz w ten sposób na skrzydło lub płetwę, też dostrzeżesz mnóstwo "irreducible complexity."
Co do tego czy dobór naturalny może prowadzić do specjacji zdania są podzielone - choćby z powodu problemów ze zdefiniowaniem gatunku - np różnica genetyczna pomiędzy niedźwiedziem brunatnym, a polarnym są na poziomie niższym niż pomiędzy odmianami niepylaka apollo.
Tzn. oczywiście na poziomie genetycznym i rozrodczym niedźwiedź polarny i niedźwiedź brunatny są jednym gatunkiem. Pewne populacje misiów brunatnych są bliżej spokrewnione z polarnymi niż z brunatnym mainstreamem. Niedźwiedż polarny i brunatny się bezproblemowo krzyżują, potomstwo płodne i niechorowite. Jednocześnie ekologicznie gatunki osobne bo zmiany jakie w ciągu ostatnich ok 20 000 lat (sądząc po datowaniu kości misiów przejściowych) zaszły w misiu polarnym zasadniczo predestynują je do zupełnie innych środowisk i minimalizują możliwości naturalnego krzyżowania. Ergo, gatunek nie jest terminem ścisłym i nigdy nie będzie. Trzeba się pogodzić i żyć dalej.
Ech... Ps. Dzięciole, czy nie zaliczasz siebie jako przynależącego ściśle do gatunku homo sapiens sapiens? A jeżeli nie, to wyjaśnij nam, do jakiego?
Dryocopus maritimus oczywiście.
Jak to się ma do rozkładu podwójnie wykładniczego, który jest centralnym pojęciem tego podwątku dyskusji?
Nijak, albowiem jest mi ów rozkład obojętny niczym odmiany ryżu w Bangladeszu i historia inkaskiej poezji śpiewanej. Odniosłem się jedynie do pobocznego pod-pod-podwątku w obrębie tego podwątku, a mianowicie tego o misiach i granicach między gatunkami.
Groza-Symetrii napisal(a): Nijak, albowiem jest mi ów rozkład obojętny niczym odmiany ryżu w Bangladeszu i historia inkaskiej poezji śpiewanej. Odniosłem się jedynie do pobocznego pod-pod-podwątku w obrębie tego podwątku, a mianowicie tego o misiach i granicach między gatunkami.
Granice między gatunkami są bardzo podobne do granicy między górą a wzgórzem. Najbardziej fascynujące są dyskusje o tych granicach czyli dyskusje o znaczeniu słów - można bardzo dużo mówić a nie da się nic powiedzieć.
A rozkład podwójnie wykładniczy jest bardzo ważny jako rozkład zdarzeń ekstremalnych. Kto coś o nim wie - rozumie bzdurę bajań Darwina.
Tak zauważyłem czytając ów wątek, ale nie będąc matematykiem nie ustosunkuję się co do rozkładu, a samym matematykom nie ufam, że sporządzili dobre założenia bo jak sam kolega zauważył nie znają się na biologii. Ogólnie rzecz biorąc w tym wątku zainteresowały mnie tylko niedźwiedzie więc się na ich temat wypowiedziałem, tyle.
Granice między gatunkami są bardzo podobne do granicy między górą a wzgórzem. Najbardziej fascynujące są dyskusje o tych granicach czyli dyskusje o znaczeniu słów - można bardzo dużo mówić a nie da się nic powiedzieć.
Oczywiście, że nie. Można się tylko umówić, co do znaczenia. Ale to żadne novum. I biolodzy to czynią umawiając się w zależności od potrzeb na piętnaście róznych sposobów.
Jeden z większych matematyków David Hilbert rzekł tak - jak punkt nazwać stołem, prostą krzesłem a płaszczyznę kuflem do piwa, w geometrii nic się nie zmieni. Dlatego staram się rozmawiać nie o słowach a o pojęciach.
Stwierdzenia A (przytazcam w formie przed wyedytowanem)
los napisal(a): Model Kimury w zasadzie sprowadza się do modelowania ewolucji za pomocą łańcuchów Markowa podobnie jak pozostałe modele (nie wiadomo mi o innym narzędziu) a różnią się one między sobą różnym mapowaniem genotypu na funkcje stanu procesu. O genotypach nie wiem nic, o procesach Markowa wiem wszystko. Jednym z wniosków Kimury było zresztą, że w ewolucji najistotniejsze są losowe fluktuacje, dobór naturalny i dryf genetyczny można praktycznie zaniedbać.
Stwierdzenie B
los napisal(a): Teoria ewolucji dobrze tłumaczy dlaczego pewne szkodniki nabyły odporność na pestycydy a nie skąd się wzięły gatunki.
Stwierdzenie C
los napisal(a): Matematyczny model ewolucji to tzw. model Kimury (później rozwijany przez Tamurę i innych), który dość dobrze opisuje mikroewolucję i dowodzi niemożności makroewolucji. Kapłani tej religii używają wtedy rytualnego zwrotu "do makroewolucji model Kimury nie stosuje się."
Ponieważ wyjaśnieniem mechanizmu nabywania odporności jest dobór naturalny zatem stwierdzenia A i B się w zasadzie wykluczają
I tak i nie, ponieważ (np.) odporność bakterii na antybiotyki oznacza, że przeżywają jedynie te osobniki, które posiadają odpowiednio zmutowane geny. Po ustaniu działania czynnika doboru naturalnego (antybiotyku) populacja wraca do normy, w której te same mutacje będą nadal występować, ale w proporcji 1 na milion osobników. Dobór naturalny odpowiada więc rzeczywiście za mikroewolucję, ewentualnie za wymieranie całego gatunku, jeśli w końcu zabraknie mutacji gwarantujących odporność. Czy jednak dobór naturalny spowodował odporność na antybiotyk? Raczej nie, te mutacje występowały zawsze, choć można oczywiście dyskutować czy pojawienie się antybiotyku nie spowodowało wzrostu ich częstości np. poprzez poziomy transfer od organizmów, które wcześniej taką odporność uzyskały.
pawel.adamski napisal(a): Problemem jest to, że potem przy interpretacji wyników wychodzą różne kwiatki. W tej dyskusji bardzo ładnie pokazał to kol. robertgoroń
robert.gorgon napisal(a): Zatem dryf genetyczny interpretuje się jako atraktor a nie poziomy transfer. .
Ta niby drobna pomyłka pokazuje niestety kompletne niezrozumienie tego co jest modelowane - "poziomy transfer" to zupełnie inna bajka, której w modelach Kimury w ogóle nie uwzględniano...
..
Zgoda, ale to ja nie przeczytałem uważnie dyskusji a ponieważ modelu Kimury nie znam, zacząłem optymistycznie przypisywać mu własności, których nie posiada. Nie jest to więc wina nadawcy komunikatu, to ja pomieszałem pojęcia horyzontalnego (poziomego) transferu z dryfem genetycznym, choć wcale nie musiałem, ale na swoją obronę dodam, że uczyniłem to ot tak sobie a nie z premedytacją.
Komentarz
Dobrze jest czytać posty interlokutora. Moje można sprowadzić do stwierdzenia, że :wykazano, iż kluczowy dla darwinowskiej teorii ewolucji proces doboru naturalnego rzeczywiście zachodzi w populacjach, co jednak nie oznacza potwierdzenia całej teorii. Pokazałem też, gdzie ona najbardziej się rozłazi. Kolega z jakichś powodów postanowił wykazać, że obaliły ja też modele Kimury. Co akurat jest nieprawdą, bo jeżeli nie znamy choćby przybliżonych parametrów modelu jego "wartość dowodowa" jest żadna. A przy modelach Kimury i następców parametry brane były "z czapy" (nie wiadomo np dlaczego prawdopodobieństwo mutacji oparto o typ zasad a nie układ kodonu).
Co do tego czy dobór naturalny może prowadzić do specjacji zdania są podzielone - choćby z powodu problemów ze zdefiniowaniem gatunku - np różnica genetyczna pomiędzy niedźwiedziem brunatnym, a polarnym są na poziomie niższym niż pomiędzy odmianami niepylaka apollo.
Zatem, wbrew insynuacji kolegi, w tej dyskusji to akurat ja stoję na straży metodologicznej poprawności
Darwin próbował doborem naturalnym tłumaczyć POWSTAWANIE gatunków, jego bajkopisarskie dzieło miało tytuł "O pochodzeniu gatunków" i jak było bajkopisarskie ileś lat temu, tak do dziś jest.
– Czy myślisz – spytał Wokulski – że można... kochać kobietę w sposób idealny, nie pożądając jej?
– Naturalnie. Jest to jedna z masek, w którą lubi się przebierać instynkt utrwalenia gatunku.
– Instynkt – gatunek – instynkt utrwalenia czegoś i – utrwalenia gatunku!... – powtórzył Wokulski – Trzy wyrazy, a cztery głupstwa.
PA
-kwestia powstania życia, czyli biogenzy - formalnie poza TE, ale to tylko wybieg, bez biogenezy nie ma ewolucji
Koledzy obaj dość ciekawie opowiedzieli model Kimury, z którego wynika, że selekcja naturalna ma niewielki wpływ na ewolucję. Jeżeli horyzontalny transfer genów istotnie wynika z postaci rozwiązań równań ewolucji, jest to bardzo duże osiągnięcie, silnie potwierdzające słuszność założeń tego modelu. O ile jakoś nie wynika to implicite z doboru parametrów, czyli jeżeli autentycznie jest wnioskiem a nie założeniem.
Ja przypomnę tylko, że klasyczny przykład (mikro) ewolucji, czyli odporność bakterii na antybiotyki, chwastów na pestycydy, działa, w dużym skrócie, jak filtr na materiał genetyczny. Gdy antybiotyk lub środek ochrony roślin przestaje działać, mechanizm selekcji naturalnej eliminuje osobnik, które uzyskały odporność. Wracając teraz do równań Kimury - czy nie jest tak, że opisana przez mnie "jałowa" mikroewolucja prowadząca wyłącznie do uszczuplenia materiału genetyczneo, jest typowym efektem pierwszego rzędu. Jeśli tak jest, być może makroewolucję tłumaczą jakieś wyższe rzędy przybliżeń i wtedy interpretujemy to tak - dobór naturalny w istocie zabija gatunki, ale istnieje jakieś niewielkie prawdopodobieństwo, że powstanie jakaś nowa populacja.
1. Biologowie nie znają matematyki a matematycy biologii. Biologia jest zresztą znacznie mniej zmatematyzowana niż powinna być, bo jest bardziej empiryczna od ekonomii a jednak dużo mniej matematyczna - ekonomista znający analizę funkcjonalną czy geometrię różniczkową nie jest rzadkością (zwłaszcza w Stanach), biolog z matematyki zna w najlepszym razie elementarną statystykę. Zero teorii gier, zero analizy stochastycznej. Przetłumaczenie terminów biologicznych na matematyczne zajęło mi bardzo dużo czasu, jak się uczyłem teorii Kimury.
2. Teoria ewolucji jest mocno ideologiczne obciążona, widać to najlepiej w krajach protestanckich, więc rzeczywiste studia nad teorią ewolucji są równie bezpieczne jak studia nad pochodzeniem Koranu.
Dobór naturalny to proces odpowiedzialny za pokazuje jak zmianę puli genowej (prze działenie na fenotypy) gatunków. I proces ten został potwierdzony w badaniach emopirycznych. I tych przypadków potwierdzenia jest coraz więcej, z tego prostego powodu, że powodu, że przybywa populacji podlegajacych naciskowi selekcyjnemu, które są długo obserwowane.
W zasadzie po stwierdzeniu kolegi, ze "Dobór odpowiada za wymarcie" można by zakończyć dyskusję, bo to wskazuje, że kolega nie rozumie teorii, którą a'priori uznał za bajke.
Problem w tym, ze w obecnym wątku kolega z jednej strony pozuje na obrońcę metodoligi z drugiej zaś jest z nią na bakier.
Weźmy pod uwagę trzy kolegi stwierdzenia
Stwierdzenia A (przytazcam w formie przed wyedytowanem) Stwierdzenie B Stwierdzenie C Ponieważ wyjaśnieniem mechanizmu nabywania odporności jest dobór naturalny zatem stwierdzenia A i B się w zasadzie wykluczają.
Zatem albo trzeba zakwestionować obserwacje empiryczne albo adekwatność modelu Kimury do opisu procesów ewolucyjnych. I nie chodzi nawet o sam model, ale o przyjmowane parametry, z których po prostu nie znamy. W tej sytuacji metodologcznie poprawne jest uznanie, że coś nie tak jest z modelem.
W takiej sytuacji stwierdzenie C jest nieuprawnione bo opiera się o model sfalsyfikowany empirycznie.... Przy czym matematycy nawet nie bardzo chcą się do tej niewiedzy przyznać. W przeciwnym razie nie pisałby kolega takich rzeczy: Zgadzam się, że dużo biologów - zwłaszcza starszego pokolenia - jest zbyt mało zmatematyzowanych. Ale już w ekologii populacyjnej czy behawioralnej bez teroii gier, analiz stochastycznych czy modeli dyfuzyjnych po prostu nie ma czego szukać.
Z mojej współpracy z matematykami wynika też, że zdecydowana większość z nich nie jest w zasadzie zainteresowane tym co oznaczają parametry modeli i jak się je szacuje. Problemem jest to, że potem przy interpretacji wyników wychodzą różne kwiatki. W tej dyskusji bardzo ładnie pokazał to kol. robertgoroń
Ta niby drobna pomyłka pokazuje niestety kompletne niezrozumienie tego co jest modelowane - "poziomy transfer" to zupełnie inna bajka, której w modelach Kimury w ogóle nie uwzględniano...
Natomiast w pełni zgadzam się ze stwierdzeniem kolegi Przy czym ideologizaja ta widoczna jest także wśród osób, które wbrew wynikom badań empirycznych uznają, że zmiany w obrębie form życia to "bajki" i "bajdurzenia". Nota bene, niemożność zaprzeczenia tym zmianom spowodowała, pojawienie się koncepcja baraminów...
I proszę o cytowanie ostatnich wersji wypowiedzi, kilka razy byłem nieprecyzyjny ale się poprawiłem. Złą manierą dyskusyjną jest ograniczenie rozmowy do wyławiania rozmówcy drobnych nieścisłości ale wyławianie nieścisłości już poprawionych jest manierą bardzo złą.
Datego wobec nonszalanckiego (w tym wątku) podejścia kolegi zarówno do metodologi jak i rzetelności dyskusji pozwolę sobie wycofać się z dalszej naparzanki, która od pewnego czasu przypomina filmowy dialog:
- Yes, I do!
- No, you don't!
- Yes, I do!
....
Wpisy należy poprawiać, bo idzie o dojście do prawdy a nie pokazanie kto mądrzejszy.
A co do meritum - samych zmian nikt nie kwestionuje, kwestionowana jest jedynie możliwość wielkich odchyleń (large deviations) w modelu Kimury i innych, takich które wykształcą skrzydło czy inny złożony mechanizm. Do tego nie odniósł się kolega ani słowem.
Więc dyskusja nie jest w stylu "yes, it is, no, it isn't", bo taka dyskusja przynajmniej odnosi się do tego samego przedmiotu.
Przeprowadzona edycja w dość istotny sposób zmieniała znaczenie doboru. Proszę porównać wersję przed i po edycji (podkreśliłem fragment który zniknął). Ależ odniosłem. Po pierwsze zwróciłem uwagę, że parametry w modelu Kimury zostały wzięte w zasadzie arbitralnie więc jego wartość dowodowa jest wątpliwa. Np w bliższych mojej dziedzinie modelach Minimum viable population niewielka różnica w parametrach może zmienić wynik nawet o rząd wielkości....
Niestety nawet w kwestii szczegółów replikacji DNA jest sporo luk w wiedzy, które nie pozwalają na rzetelne szacowanie parametrów.
Po drugie, prosiłem kolegę o rozjaśnienie co to jest "largę deviation". Przykład z pojawieniem się skrzydła jest o tyle mało przydatny, że w dziedzinie budowy anatomicznej czasami daleko posunięte zmiany mogą być wywołane punktową mutacją (przykładem jest np płód arlekinowy). Czasami więcej zmian wymaga pojawienie się nowego szlaku metabolicznego. Dojście do prawdy jest niemożliwe w dyskusji, w której jedna ze stron kwestionuje empirię, twierdząc, a jednocześnie twierdzi, że tego nie robi.
Dlatego tym wpisem definitywnie kończę moją aktywność w tym wątku.
Po drugie - nawet jeśli parametrów dokładnie nie znamy, to jesteśmy w stanie je oszacować, czasem grubo lub bardzo grubo. A rozkład podwójnie wykładniczy ma tę miła lub niemiłą cechę, że wyzeruje szybko prawdopodobieństwo zdarzeń ogonowych nawet przy bardzo optymistycznych założeniach.
Czy który model daje inny rozkład asymptotyczny wielkich odchyleń? Żaden z modeli markowskich a wspomniane wyżej modele do tej klasy należą (to już jest hard kernel mojej wiedzy zawodowej). Ale jeśli kto wymyśli coś innego - chętnie usłyszę.
Przykłady large deviations są w książce Michaela Behe. Patrzy na nie przez okulary zdrowego rozsądku a nie matematyki ale pokazuje niesłychaną złożoność mechanizmów komórkowych. Jak spojrzysz w ten sposób na skrzydło lub płetwę, też dostrzeżesz mnóstwo "irreducible complexity."
Jednocześnie ekologicznie gatunki osobne bo zmiany jakie w ciągu ostatnich ok 20 000 lat (sądząc po datowaniu kości misiów przejściowych) zaszły w misiu polarnym zasadniczo predestynują je do zupełnie innych środowisk i minimalizują możliwości naturalnego krzyżowania.
Ergo, gatunek nie jest terminem ścisłym i nigdy nie będzie. Trzeba się pogodzić i żyć dalej.
Ps. Dzięciole, czy nie zaliczasz siebie jako przynależącego ściśle do gatunku homo sapiens sapiens? A jeżeli nie, to wyjaśnij nam, do jakiego?
A rozkład podwójnie wykładniczy jest bardzo ważny jako rozkład zdarzeń ekstremalnych. Kto coś o nim wie - rozumie bzdurę bajań Darwina.
Ogólnie rzecz biorąc w tym wątku zainteresowały mnie tylko niedźwiedzie więc się na ich temat wypowiedziałem, tyle. Oczywiście, że nie. Można się tylko umówić, co do znaczenia. Ale to żadne novum.
I biolodzy to czynią umawiając się w zależności od potrzeb na piętnaście róznych sposobów.